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SNP位點(diǎn)測(cè)定
來(lái)源:
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作者:201321492800086
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發(fā)布時(shí)間: 2343天前
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SNP（single nucleotide polymorphism），即單核苷酸多態(tài)性，是由于單個(gè)核苷酸改變而導(dǎo)致的核酸序列多態(tài)。一般來(lái)說(shuō)，一個(gè)SNP位點(diǎn)只有兩種等位基因，因此又叫雙等位基因。
SNP（single nucleotide polymorphism），即單核苷酸多態(tài)性，是由于單個(gè)核苷酸改變而導(dǎo)致的核酸序列多態(tài)。一般來(lái)說(shuō)，一個(gè)SNP位點(diǎn)只有兩種等位基因，因此又叫雙等位基因。
SNP絕大多數(shù)位于非編碼區(qū)，多為轉(zhuǎn)換，即一種嘧啶堿基換為另一種嘧啶堿基，或一種嘌呤堿基換為另一種嘌呤堿基，轉(zhuǎn)換與顛換之比為2：1。目前，研究SNP突變變得越來(lái)越熱門(mén)，因?yàn)镾NP位點(diǎn)數(shù)量豐富，可以找到與各種遺傳性狀相關(guān)的突變，而且有些SNP與某些性狀調(diào)控基因相鄰，可以成為重要的分子標(biāo)記。
SNP檢測(cè)方法有TaqMan探針?lè)ǎㄟM(jìn)行實(shí)時(shí)熒光PCR擴(kuò)增），高分辨率熔解曲線分析法（HRM），Mass Array法（質(zhì)譜檢測(cè)）和直接測(cè)序檢測(cè)等，但是以上方法均需要昂貴的技術(shù)設(shè)備做支撐，而且操作技術(shù)水平要求較高。目前，如果想將一個(gè)SNP的分子標(biāo)記推廣開(kāi)來(lái)，且要實(shí)現(xiàn)快速分析，可以通過(guò)特殊的引物設(shè)計(jì)方法擴(kuò)增PCR產(chǎn)物，直接利用普通傳統(tǒng)電泳法或者毛細(xì)管電泳技術(shù)完成快速檢測(cè)。
以中國(guó)藥科大學(xué)藥物分析教研室和南京軍區(qū)聯(lián)勤部藥品儀器檢驗(yàn)所開(kāi)發(fā)的一個(gè)SNP分子標(biāo)記，用于區(qū)別人參（Panax ginseng C.A.Mey）和西洋參（Panax quinqufoliw L.）的一個(gè)科研成果為例。首先，通過(guò)查找GenBank，尋找SNP位點(diǎn)，發(fā)現(xiàn)人參、西洋參在5.8s基因的235 bp處，人參為A，西洋參為G； 414 bp處，西洋參為T(mén)，人參為C。其次，選擇這2個(gè)SNP位點(diǎn)進(jìn)行特異性引物設(shè)計(jì)和PCR擴(kuò)增，3’端的最后一個(gè)堿基與SNP位點(diǎn)互補(bǔ)。為了提高擴(kuò)增特異性，在引物 3’端的第 3 個(gè)堿基處人為引入 1 個(gè)錯(cuò)配堿基，最終設(shè)計(jì)出來(lái)的三條引物中，有一條是公共引物 Pl: 5' -cgaaacctgcatagcagaac- 3’，再是人參特異性引物ASA-3: 5’-agagccgagatatccgttgT-3’，及西洋參特異性引物ASA-4: 5’-cgcctcgactcccgcaaA-3’。最終PCR產(chǎn)物電泳結(jié)果顯示，擴(kuò)增產(chǎn)物大小為252bp的為人參，430bp的為西洋參，簡(jiǎn)單明了（圖1）。另外，基于毛細(xì)管電泳的高靈敏度特性，當(dāng)人參中摻有5%比例的西洋參核酸DNA時(shí)，也可檢測(cè)到西洋參的擴(kuò)增訊號(hào)（圖2），此特性可以用于出入境的食品藥品真假及純度鑒定。
